O CCZ tem a missão de desenvolver trabalhos de prevenção, proteção e promoção à saúde pública, por meio de vigilância e controle de animais domésticos, de animais sinantrópicos e educação em saúde.
Tem como objetivo diminuir o número de cães e gatos abandonados na cidade, além de buscar a diminuição da ocorrência de agravos e do risco de transmissão de zoonoses por essas espécies.